O município de São João teve sua origem pela doação de faixas de terras, concedidas por herdeiros. Que, mais tarde, foram vendidas a Manoel da Cruz Vilela, que as transformou na Fazenda Burgos. Em 1883, passou a chamar-se de Sítio São João, e ficou sendo a sede de um distrito de Garanhuns. O povoamento foi intensificado com a inauguração da Estrada de Ferro Sul Pernambuco, em 1887.

Em 25 de novembro de 1958, o projeto apresentado à Assembleia do Estado pelo Deputado Estadual Eupídio de Noronha Branco, Lei nº 3.280, criando o município, desmembrando-o do município de Garanhuns. O professor Erasmo Bernardino Vilela, foi o primeiro prefeito nomeado pelo então Governador do Estado da época Cordeiro de Farias. Por motivos políticos, São João perdeu a condição de Município, voltando a ser instalado novamente como município no ano de 1962.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, figura no município de Garanhuns o distrito de São João. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1º de julho de 1955. Elevado à categoria de município com a denominação de São João, pela Lei Estadual nº 3280, de 25 de novembro de 1958, desmembrado de Garanhuns. O município de São João foi instalado oficialmente em 16 de maio de 1962