O local onde hoje está a cidade de São Joaquim do Monte começou a ser povoado em 1896 com a construção da casa de Manoel Quintino. Próxima a ela, localizava-se a casa do Capitão Manoel Antônio, que era denominada “Casa Nova” de ABA DE SERRA, que se tornou o primeiro nome do lugarejo por estar ao pé da serra, hoje Serra do Monte.

Em 1896 foi erguida a capela em honra de São Sebastião. Sob influência do Coronel Joaquim José de Lima, o padroeiro da cidade foi trocado para São Joaquim. Em 1912, quando foi criado o distrito no município de Bonito, o povoado recebe este nome. No ano seguinte, iniciou-se a construção da nova capela sob a direção do Frei Epifânio e apoio do José Joaquim de Melo (o José Gameleira), que seria inaugurada dois anos depois.

O distrito foi elevado à categoria de município com a denominação de São Joaquim, pela lei estadual nº 1931, de 11 de setembro de 1928. Pelo decreto-lei estadual nº 952, de 31 de dezembro de 1943, o município de São Joaquim, passou a chamar-se Camaratuba. Pela lei estadual nº 416, de 31 de dezembro de 1948, passou a denominar-se São Joaquim do Monte.