O município de Quipapá teve origem sua na povoação que se ergueu no local, concentrada em redor de pequena capela que obteve o status de freguesia, com certa homenagem a Nossa Senhora da Conceição de Quipapá.

Foi desbravado pelos anos de 1630 a 1697, trabalho realizado pelos negros foragidos, que faziam parte do Quilombo dos Palmares, ergueu-se oficialmente entre 1795 e 1796, quando o capitão Francisco Rodrigues de Melo junto a sua esposa, D. Ana Maria dos Prazeres, instalaram-se na Fazenda das Panelas, resultando no município do mesmo nome.

O distrito criado com o nome Quipapá, deu-se pela lei provincial número 432, de 23 de Junho de 1857, onde ficou sob pleito do município de Panelas.

Anos mais tarde, foi elevado à categoria de vila com a denominação somente de Quipapá (lei provincial nº 1402, de 12 de maio de 1879) e instalado em 18 de julho de 1879. A ascensão ao status de município, deu-se de forma definitiva, em 19 de maio de 1900, pela Lei Estadual número 432, separando-se do município de Panelas (Número 54, de 23 de novembro de 1905, onde foi criado o distrito de Pau Ferro e anexado ao município de Quipapá.

Como divisão administrativa, o município é constituído de seis distritos: Quipapá, Barra de Jangada, Jurema, Pau Ferro, Queimadas e São Benedito, onbde mais tarde o distrito de Jurema é também elevado à categoria de município.

Em 1938, atravé do decreto-lei nº 235, de 9 de dezembro de 1938, o distrito de São Sebastião da Barra foi extinto, sendo seu território anexado ao distrito de Quipapá e São Benedito. Entre 1939 e 1943, o município é constituído de quatro distritos: Quipapá, Igarapeba, Pau Ferro e São Benedito.

Em 1963, desmembra-se do município de Quipapá os distritos de Iraci e Igarapeba, para formar o novo município de São Benedito do Sul, ex-Iraci. Neste sentido, a divisão territorial de 31 de dezembro de 1963, consta o município constituído apenas de 2 distritos: Quipapá e Pau Ferro. Assim permanecendo em divisão territorial até os dias atuais.